La porte d'entrée de la chapelle est fermée, mais le verrou est bizarrement relié à une des dalles de l'atrium qui jouxte l'église. Billy appuie de tout son poids sur la dalle, ce qui permet à Rebecca d'entrer dans la chapelle. Cette dernière est devenue le repère d'une chauve-souris géante mutante. Rebecca parvient tant bien que mal à tuer la créature en la bombardant de son lance-grenades. Utilisant le lance-grappin du train qu'ils ont conservé et transporté avec eux, Rebecca parvient à atteindre le toit de la chapelle en grimpant par une brèche.
Du toit, empruntant une échelle, elle descend dans le jardin de la chapelle, où elle parvient à rétablir le courant de l'ascenseur. L'ascenseur les conduit, Billy et elle, dans un complexe secret situé sous la chapelle : le laboratoire de James Marcus.
A en juger par les cadavres encore frais et les zombies qui ont investi ses couloirs, le laboratoire a été également visité par l'équipe de nettoyage d'Umbrella. Le complexe est également hanté par quelques zombies sangsues. En utilisant de nouveau le lance-grappin, Rebecca se hisse par une brèche du plafond de la bibliothèque et accède à l'étage supérieur où Marcus réalisait ses expériences. Communiquant par radio et utilisant un nouveau monte-plats providentiel pour s'échanger des objets, Rebecca et Billy travaillent de concert pour résoudre toutes les énigmes du laboratoire. Finalement, après avoir découvert deux bijoux en forme de sangsues dans la salle d'archive et le bureau d'étude de Marcus, Rebecca et Billy réussissent à accéder à une salle où se trouve un téléphérique, récemment construit, qu'ils entendent bien utiliser pour quitter le complexe. Alors qu'ils se lancent à la recherche de composants nécessaire pour remettre en marche le téléphérique, Billy découvre une vieille photo en noir et blanc dans le bureau d'étude de Marcus, impeccablement entretenu, félicitant "James " pour l'obtention de son diplôme universitaire en 1939. De ce fait, Billy conclut que le jeune homme qu'ils ont aperçu contrôlant les sangsues ne peut être que le fils ou bien le petit-fils de Marcus vu leur ressemblance.
Lorsqu'ils ont fini par trouver tous les composants nécessaires, Rebecca se hisse par une ouverture à l'aide du lance-grappin dans la petite salle de contrôle du téléphérique et met en marche l'appareil. Comme ils se préparent à monter à bord du téléphérique, le malheur vient frapper : un "Eliminator " saute de la toiture de l'appareil sur laquelle il se trouvait sur Billy, entraînant ce dernier dans sa chute vers des profondeurs abyssales. Alors que Rebecca se précipite vers la rambarde de la passerelle, elle est surprise par l'attaque d'un zombie sangsue, qu'elle finit par incinérer le temps d'un affrontement.
Seule, Rebecca remet en marche le téléphérique qui a été saboté par des sangsues du zombie sangsues et se dirige vers l'inconnu. L'appareil l'emmène dans un entrepôt isolé, quelque part sous Raccoon City, où elle découvre une plaque tournante utilisée pour le transport de wagons (deux mois plus tard, Claire et Leon utiliseront cette même plaque tournante pour atteindre le laboratoire de William Birkin). Dans la cabine du téléphérique, Rebecca s'approprie le pistolet magnum d'un cadavre. Elle suit ensuite une passerelle de la cage de la plaque tournante en empruntant un petit monte-charge. Dans une salle de surveillance, elle découvre la clef de la plaque tournante et remarque un écran de surveillance montrant une créature humanoïde d'une étrange allure, à la peau blanche, conservée dans un caisson. Retournant dans la salle de contrôle, Rebecca utilise la clef pour faire remonter la plate-forme de la plaque tournante à son niveau.
La plaque tournante la conduit à l'étage principal d'un complexe inconnu. Une chute de pierre bloque toute progression vers le passage situé derrière la plaque tournante et Rebecca se refuse à une exploration minutieuse de la zone. Quand elle s'approche d'un ascenseur, elle entend le bruit de l'appareil qui arrive à l'étage. Quand les portes s'ouvrent, Enrico Marini en sort.
Marini confie à Rebecca que le reste de l'équipe aurait déjà dû se rassembler ici à l'heure qu'il est. S'ils poursuivent leur route à partir de cet endroit, explique-t-il, ils devraient atteindre un ancien manoir où Umbrella réalise ses expériences. Il demande à Rebecca de l'accompagner, mais la jeune recrue lui répond qu'elle le rejoindra plus tard. Elle doit retrouver Billy. Enrico, persuadé que le prisonnier en cavale ne s'en sortira pas, essaie de la convaincre d'abandonner sa mission. Rebecca lui assure que tout se passera bien. Alors qu'Enrico reprend sa route, Rebecca, en voix narrative, déclare qu'elle ne revit jamais Enrico.
Une clef abandonnée près de l'ascenseur qu'Enrico vient d'emprunter déverrouille la porte d'un autre ascenseur situé dans la salle où des amas de pierres bloquent le passage. Comme Rebecca actionne l'ascenseur, quelque chose surgit des décombres derrière elle pendant qu'un rideau de fer s'abaisse, l'empêchant de s'enfuir, et se retrouvant face-à-face avec le monstre dans un espace réduit.
Deux jours plus tard, Wesker annoncera aux STARS le nom de cette créature : un Tyrant.
Seule et terrorrisée, Rebecca se retrouve face à cette créature incroyablement puissante, hideuse et déterminée à l'exterminer. Sans relâche, le monstre charge en direction de Rebecca, tentant de l'empaler avec sa griffe démesurée. Profitant de sa petite corpulence, la jeune fille parvient à contourner le monstre, désavantagé par son attaque répétitive devenue prévisible, et ses déplacements trop lents. Sans hésiter et trop effrayée pour réfléchir, elle vide presque deux chargeurs de magnum sur le Tyrant avant qu'il ne s'écroule à terre, vaincu.
L'ascenseur qui vient d'arriver à l'étage propose plusieurs destinations, comme la gare du train sous le centre de formation, mais le seul endroit que Rebecca n'ait encore exploré est le quatrième niveau de sous-sol. Comme elle actionne l'ascenseur pour rejoindre ce niveau, le jeune homme et sa horde de sangsues l'observent depuis un nouvel écran de surveillance. Il lance de vive voix, comme si elle pouvait l'entendre, qu'elle et son ami ne l'amusent plus. Désormais, rien, ni personne ne l'empêchera d'assouvir sa vengeance.
L'ascenseur amène Rebecca sur un pont étroit, surplombant une rivière. En dessous du pont, elle aperçoit Billy, inconscient mais en vie, accroché à une colonne de béton sectionnée au milieu de la rivière. Rebecca l'appelle en criant, quelques secondes avant que quelque chose ne vienne heurter Billy sous la surface et le projette hors de l'eau. Il hurle de douleur alors il est entraîné par le courant dans un passage inconnu.
Ne pouvant rien faire pour lui, Rebecca regarde, impuissante, le courant l'emmener. Elle se résigne et continue son chemin à contrecoeur, peinant à détacher son regard de l'endroit d'où son coéquipier de fortune a disparu. Le pont sur lequel elle est engagée donne sur une salle de contrôle de l'alimentation, plongée dans l'obscurité. Rebecca parvient à rétablir l'électricité en résolvant l'énigme de la console du panneau de contrôle et peut donc utiliser le petit monte-charge qu'elle venait de dépasser dans le couloir. Le monte-charge l'entraîne au niveau inférieur, dans une usine de traitement de déchets abandonnée, qui, tout comme le centre de formation, grouille pourtant de zombies et de nombreuses autres créatures. Rebecca doit se frayer un chemin dans les multiples niveaux de l'usine affrontant créature après créature, éliminant un zombie sangsue au passage.
En arrivant sur une passerelle métallique, elle aperçoit un corps inerte allongé à terre, probablement rejeté par la force du courant de la rivière qui s'écoule en dessous. Reconnaissant Billy, elle se précipite vers lui et l'aide à reprendre connaissance. Alors qu'il tousse et crache l'eau de ses poumons, Billy a subitement une vision. Rebecca lui demande ce qui ne va pas, tandis que le regard de Billy se pose sur une pile d'ossements humains, nus, brunis par le temps et la décomposition, baignant dans une flaque d'une substance visqueuse si épaisse qu'elle ne s'est pas écoulée au travers des grilles de la passerelle sur lesquelles elle repose. Billy, les yeux rivés sur les crânes aux rictus figés, revoit la scène du massacre des villageois en Afrique. Rebecca se demande qui a pu faire une chose pareille, et Billy lance qu'ils doivent être les restes des sujets d'expériences de Marcus : "Marcus a encore dû poursuivre ses expériences sur le virus Mère ! "
De nouveau réunis, Rebecca et Billy retournent dans l'usine. Comme le centre de formation, l'usine regorge d'énigmes, de machines endommagées ou bien cassées, de créatures de toutes sortes et de portes verrouillées. Alors que Rebecca et Billy surmontent ces obstacles, le Tyrant apparaît de nouveau au neuvième niveau de l'usine, pour finir par s'écrouler sous une pluie de coups de feu.
Rebecca et Billy sont obligés de se séparer le temps d'un moment pour déverrouiller une porte et actionner un levier. Ce faisant, Rebecca réussit à fermer la vanne du barrage de l'usine ce qui permet au duo d'atteindre la salle d'incinération. A l'intérieur, ils se rendent compte que la salle n'est plus utilisée pour sa fonction première : à la place, c'est désormais le lieu de prédilection de reproduction des sangsues.
Le jeune homme en blanc les accueille "chaleureusement" depuis la passerelle au-dessus d'eux, puisque, après tout, c'est leur veillée funeste. Billy exige des explications, voulant connaître l'identité du jeune homme.
Comme réponse, le visage de l'homme se transforme, vieillissant de plusieurs décennies en l'espace d'un instant jusqu'à prendre les traits de James Marcus.
De sa voix de vieil homme, Marcus leur explique qu'il y a dix ans, Spencer le fit assassiner. Il travaillait durement sur le projet de ses bestioles, les sangsues, quand deux hommes en uniforme firent irruption et ouvrirent le feu avec des fusils mitrailleurs. Alors que Marcus se remémore la scène, nous vivons ses derniers moments à travers ses yeux : Wesker et Birkin, plus jeunes de quelques années, penchés au dessus de lui, Birkin promettant de reprendre ses recherches, puis, la dernière chose que Marcus ait vu : l'eau le recouvrant, réveillé brièvement par le choc lorsque son corps fut jeté au fond des eaux de l'usine de traitement.
La reine sangsue de Marcus parvint à retrouver son cadavre. Elle se glissa dans sa bouche et commença à se reproduire. Mystérieusement, le virus-T présent à l'intérieur de la reine ressuscita Marcus, le transformant en une créature inhumaine, capable de se métamorphoser à volonté, contrôlant son armée de sangsues intelligentes.
Marcus déclare qu'il est désormais de retour et que le monde se consumera dans un brasier de haine. Billy montre le poing en direction de Marcus et lui répond qu'il paiera pour ce qu'il a fait. Visiblement déterminé dans sa folie, Marcus continue de rire...
Son rire se transforme peu à peu en une grimace de douleur, et se met à cracher un filet de liquide visqueux, vomissant ensuite quelques sangsues. Son visage se fige, horrifié, comme surpris, et son corps se met alors à se déformer. Marcus se transforme en une hideuse créature, l'ultime incarnation du zombie sangsue que Rebecca et Billy n'ont cessé d'affronter toute la nuit. Sa transformation terminée, la créature bondit de la passerelle, prête à passer à l'attaque.
La menace de Marcus n'était pas loin de se réaliser : la créature, crachant des filets d'acide et fouettant de ses tentacules élastiques qui lui servent maintenant de bras, semble capable de résister à la moindre blessure. Après avoir reçu assez de balles pour tuer une douzaine d'hommes ou quelques Tyrants, Marcus hurle d'une voix indéfinissable, et s'effondre sur le sol, silencieux.
Deux clefs sont tombées de ce qui étaient autrefois les poches de Marcus. Billy et Rebecca utilisent ces deux clefs, en même temps, pour ouvrir une ultime porte de sécurité de l'autre côté de la salle d'incinération. Derrière la porte, ils découvrent un monte-charge qui conduit au cinquième niveau, qui leur était jusque-là inaccessible. Poussant un soupir de soulagement, Rebecca actionne l'interrupteur du monte-charge.
Le monte-charge se met soudainement à vibrer, alors que quelque chose explose au fond de la cage de l'élévateur. Billy l'aperçoit le premier : c'est la reine sangsue, devenue un monstre grotesque de la taille d'un camion, remontant hasardeusement mais rageusement la cage de l'élévateur dans leur direction. Dans un premier temps, il semblerait que Billy et Rebecca puissent réussir à la distancer, mais alors que le monte-charge arrive au bout de sa course, la reine sangsue vient heurter la plate-forme de plein fouet. Sous le choc, la plate-forme bascule, projetant Billy et Rebecca dans le hangar de chargement de l'usine de traitement. Au même moment, William Birkin met son plan à exécution : le compte à rebours du système d'autodestruction est enclenché.
La reine glisse sur le sol du hangar, attaquant Billy et Rebecca de ses pseudopodes gonflés, et les aspergeant d'un fluide nocif. La créature est lente et possède un corps flasque, mais elle est également énorme. Malgré leurs tentatives, les armes du duo ne peuvent pas faire grand chose, si ce n'est la ralentir.
Au- dessus d'eux, les panneaux de la plate-forme du hangar s'entrouvrent légèrement, laissant filtrer un rayon de lumière. La sangsue, toujours en vie, s'abrite de la lumière, comme blessée par sa soudaine apparition. Rebecca réalise alors que la créature est vulnérable à la lumière du soleil. Billy se porte volontaire pour distraire la reine, pendant que la jeune toubib s'efforce d'ouvrir complètement les panneaux du hangar.
Tandis que Billy continue de combattre la reine, évitant difficilement ses attaques et ses jets d'acide, Rebecca actionne un après les autres les mécanismes qui verrouillent les panneaux de la plate-forme, en prenant soin d'éviter le monstre qui essaye apparemment de se diriger vers elle, usant probablement de ce qu'il lui reste d'intelligence. Au bout de quelques minutes, la jeune femme défait le dernier mécanisme et les panneaux de la plate-forme s'ouvrent enfin, baignant la créature dans la lumière directe du soleil. Enragée par la douleur, la reine se débat violemment, projetant à terre le duo de l'autre côté du hangar d'expédition.
Comme Rebecca se relève, elle aperçoit un pistolet d'un puissant calibre, caché derrière une pile de caisses : s'en emparant, elle appelle Billy en criant et lui lance l'arme.
Billy attrape le pistolet, met en joue la créature et ouvre le feu. La reine sangsue, déjà amochée, affaiblie par la lumière du soleil ainsi que les nombreuses blessures, ne peut en supporter davantage et les puissantes balles la transpercent de toute part, la projetant dans la cage de l'élévateur, à la rencontre de la boule de feu qui vient de naître à la suite de la séquence finale du système d'autodestruction.
Alors que de la dégradation du bâtiment commence à être telle que tout s'écroule autour d'eux, et que l'incendie se déclenche, Billy entraîne sa partenaire de fortune pour qu'ils s'abritent. Après quelques minutes, le centre de formation d'Umbrella vole en éclat, soufflé par l'explosion. Billy et Rebecca observent tranquillement la scène depuis une colline avoisinante. Avant de se laisser tomber sur l'herbe, Billy se défait de la dernière menotte et lance la paire au loin dans le vide. Rebecca aperçoit de sa hauteur le manoir Spencer, qui ne semble être qu'à quelques kilomètres de là. Au bout d'un instant, elle s'approche de Billy, s'empare des plaques d'identification militaires de Billy et les passe autour de son cou. Elle dit alors d'un ton solennel : "Officiellement, le Sous-Lieutenant Billy Coen est décédé." Elle salue Billy du salut militaire et, faisant demi-tour, laisse le jeune homme, entamant sa descente pour rejoindre le reste de son équipe.
Billy la regarde partir. Rebecca ne se retourne pas une seule fois, l'empêchant ainsi de voir Billy lever le pouce de sa main en signe de reconnaissance. Avant de partir de son côté, l'ex- militaire dit à voix haute : "Merci... Rebecca."